La superfamilia Brachycephaloidea Padial, Grant y Frost, 2014,incluyen un complejo grupo taxonómico aún sin dilucidar, a la luz de sus relaciones filogenéticas. En la actualidad para Colombia está superfamilia está representada por integrantes designados dentro de las familias Craugastoridae, , Eleutherodactylidae y Strabomantidae cuyas diagnosis no se basan en su morfología. En la misma medida dos géneros monótipicos que incluyen Geobatrachus y Atopophrynus aún no han sido asignados dentro de familia alguna.
Familia Craugastoridae (6 spp.)
Subfamilia Craugastorinae (6 spp.)
Familia Eleutherodactylidae (9 spp.)
Subfamilia Eleutherodactylinae (9 spp.)
Subfamilia Phyzelaphryninae (1 spp.)
Subfamilia Holoadeninae (13 spp.)
Subfamilia Hypodactylinae (11 spp.)
Subfamilia Pristimantinae (236 spp.)